איטום: התפקיד העיקרי של פקקי בקבוקי זכוכית פרמצבטיים הוא להבטיח שהתרופות מבודדות מהסביבה החיצונית במהלך האחסון, למנוע זיהום חיצוני כגון אבק ולחות, ובכך להבטיח את איכות ובטיחות התרופות. איטום זה מושג באמצעות ההתאמה ההדוקה בין פקק הבקבוק לפית הבקבוק.
עמידות ללחות: עבור תרופות מוצקות מסוימות, כגון טבליות, כמוסות וכו', עמידות ללחות היא קריטית במהלך האחסון. אם התרופה לחה, היא עלולה להתפרק או להתקלקל, ולהשפיע על יעילותה. חלק מהפקקים של בקבוקי זכוכית רפואיים מעוצבים עם פקקים מיוחדים חסיני לחות, שיכולים לשלב חומרי ייבוש על פקק הבקבוק כדי לספוג לחות בתוך הבקבוק, ובכך לשמור על יובש התרופה.